叉手をして坐禅堂に入ります。入り口の左側の柱から、柱側の脚（左脚）から入ります。坐蒲を持っている場合は、必ず両手で持ってください。
坐禅堂に入ったら正面の聖僧さまに合掌低頭（合掌し頭をさげる）してください。手を叉手にもどし、自分の坐る場所（坐位）に行きます。坐禅堂の中は私語や大きな音を立てるのは厳禁です。また、聖僧さまの前を横切らないように心がけてください。
坐位についたら、まず自分の坐位に向かって合掌低頭、続いて右回りで向き直って、同じく合掌低頭します。これを隣位問訊（りんいもんじん）、対坐問訊（たいざもんじん）といい両隣の人と向かい側の人に対する無言の挨拶です。
そして、坐蒲の上に腰をおろして、壁に向かって脚を組みます。
曹洞宗の坐禅は壁に向かって坐ります。これを面壁（めんぺき）といいます。禅の祖である達摩大師も「面壁九年」されたと伝わっています。
まず、おしりの中心に坐蒲をおき坐ります。深すぎず浅すぎず、自分の身体にあわせて自然に坐れる位置に坐蒲の位置を調整してください。
脚の組み方には2種類あります。結跏趺坐（けっかふざ）と半跏趺坐（はんかふざ）です。
結跏趺坐は、右の足を左の太ももの上にのせ、次に左の足を右の太ももの上にのせます。半跏趺坐は左の足を、右の太ももの上にのせるだけです。
どちらの坐り方も、なるべく足が太もものつけね側の深いところにあたるように心がけてください。坐蒲の位置を調節し、両膝とおしりの3点で身体を支えるようにしてください。
現代人はイス中心の生活により脚の柔軟性が衰え、また体形によっては脚を組むのに苦痛を伴うこともあります。最初はスムーズにできないこともあると思いますが、日々の積み重ねにより克服することができます。なお、疾患などで足を組めない方は、イス坐禅をお勧めします。
坐禅中の手の形は法界定印（ほっかいじょういん）です。
上体が整ったら、法界定印をつくってください。親指と親指が軽くふれる程度にくっつけ、きれいな楕円形をつくります。
法界定印の形にその人の坐禅中の心の状態があらわれ、余計な力をいれて力んだり、逆に親指がダラリと下がることがよくあります。法界定印は浮かさずに脚のつけねにのせて、下腹に軽くくっつけてください。
坐禅のはじめにする深呼吸のことを欠気一息（かんきいっそく）といいます。まず、身体と呼吸を坐禅にのぞめるように調えます。
鼻から大きく空気を吸い込み、口から吐き出します。この時は肺で呼吸をするのではなく、いわゆる腹式呼吸を心がけます。
下腹へ空気を送り込み、それをゆっくり口から吐き出しすイメージです。口から吐くときに少し口をすぼめて身体の奥から方から空気を出すようにすると、呼吸が深くすることができます。一息とありますが、数回おこなっていただいてかまいません。
欠気一息したら、法界定印を一時ほどき、手のひらを天に向けてそれぞれの太ももの上にのせてください。
その状態で、身体を左右前後に揺らします。
身体の振幅を大から小へと徐々に小さくして、身体の中心位置で静止して、再び手を法界定印にもどし坐禅をはじめます。
身体を揺らすことで、上体を柔らかくするとともに、身体の中心位置を確認します。
坐禅中の姿勢は、背骨をまっすぐにのばし、頭もてっぺんで天を突き上げるようにします。あごを少し引き、肩の力をぬいて、お腹をすこし突き出すようにグィッと腰を入れます。
視線は、およそ半畳先の地面を見るようにします。眠気を誘うので目は閉じず、自然に開いてください。すこし下を見る形になるので、仏像などと同じ、いわゆる半眼の形になります。
口は、舌先が上の前歯のつけねあたりに当たるように閉じてください。自然に軽く閉じるとそのような形になります。呼吸は先ほどと同じ腹式呼吸ですが、鼻でおこなうようにします。静かに深い呼吸を、丁寧にすることが大切で、あまり意識して強調しすぎてもいけません。
坐禅中に眠くなったり、姿勢が悪かったり、心が落ち着かない時は、警策で肩を打ってもらいます。自分から警策を求める場合と、警策をもつ役の人（直堂）が判断して打つ場合があります。警策を打って欲しいときは坐ったまま合掌をしてその意をあらわします。
直堂が軽く右肩に警策をあてますので、うける側は合掌して、首を左に傾け、少し前傾します。警策をうけ終わったら、身体を元にもどして合掌低頭したあと、坐禅を続けます。本来左肩にはお袈裟がかかっていますので、警策は左にはいれません。
坐禅は約40分ぐらいをひと区切りにしておこなうことが大半です。修行道場などではそれを繰り返して何度かおこないますが、その間に経行（きんひん）という歩行を行います。
足を解き、坐を離れて歩きます。手の形は叉手（しゃしゅ）で、呼吸や姿勢は坐禅と同じです。一息半歩。すなわち、一呼吸に半歩だけ進みます。自分の呼吸にあわせて、ゆっくり丁寧に歩みを進めます。
坐禅集中できないときや、疲れたときに経行を行い、再び坐禅を続けます。
坐禅終わりの合図として鐘が1回鳴ります。これを「放禅鐘（ほうぜんしょう）」といいます。一人で坐られる場合は、ころあいを見て終了してください。
まず、合掌低頭した後、左右揺振して身体をほぐします。はじめと異なり、小から大へと振幅を徐々に大きくしてください。
そして、組んでいた足をゆっくりと解きます。足がしびれている場合もありますので、ゆっくりと立ち上がってください。
立ち上がったら、坐蒲の形を整えてから、隣位問訊・対座問訊をして、坐禅堂から出て終了です。
